RAPTOR

RAPTOR adalah software inovatif yang dirancang untuk prediksi struktur protein yang akurat. Ini menggabungkan alat analisis canggih dalam satu solusi perangkat lunak yang terintegrasi dan memberikan tiga metode threading yang berbeda. Pendekatan optimasi integer programming unik RAPTOR adalah yang paling efektif untuk menemukan struktur template target dengan urutan homologi rendah dan mampu menghasilkan model kualitas tinggi. Mudah-ke-menggunakan antarmuka dan mudah dipahami nilai E yang ideal untuk pemula dan ahli. Di atas semua, tampilan intuitif output memungkinkan pengguna untuk memahami hasil hanya sekilas. Mengingat urutan protein target, jika ada protein homolog dengan struktur 3D yang diketahui, dapat ditemukan dengan menggunakan perangkat pencarian urutan seperti PSI-BLAST, juga disediakan di RAPTOR. Struktur target kemudian dibangun dari struktur yang dikenal; Namun, ketika homologi urutan tidak signifikan, yaitu kurang dari 25%, PSI-BLAST tidak bisa datang dengan hit percaya diri. Tidak seperti PSI-BLAST, yang hanya melakukan pencarian urutan, threading protein, lipat pengakuan, membuat penggunaan kedua homologi dan struktur informasi. Ini scan urutan protein dengan struktur yang tidak diketahui terhadap database dari struktur yang dikenal. Dengan menggunakan fungsi penilaian dan melakukan analisis kesesuaian antara struktur tiga dimensi dan urutan protein linier, yang terbaik Template struktural akan diidentifikasi dari mana untuk membangun struktur urutan itu. Akibatnya, threading protein memberikan prediksi unggul dari pemodelan homologi ketika ada marjinal urutan homologi

​​ Keterbatasan :.

fungsi Terbatas